深圳市不同区的孵化器认定条件可能有所不同。以深圳市光明区为例，申请认定区级综合孵化器需要满足以下条件：
运营单位在光明区从事相关业务，具备独立法人资格，具备完善的运营管理体系和孵化服务机制；
孵化器建筑面积不低于3000平方米，在孵企业使用面积（含公共服务面积）占75%以上；
拥有提供孵化服务的专业团队，其中专职人员不少于5人；
具有集成化服务能力，能够提供技术转移、科技金融、创业辅导等各类创业服务，签约科技服务机构6家以上，创业导师3名以上；
孵化器自有种子资金或合作的孵化资金规模不低于300万元人民币，至少有2家以上在孵企业获得投融资；
在孵企业不少于20家且每千平方米平均在孵企业不少于3家；
在孵企业中已申请专利的企业占在孵企业总数比例不低于50%或拥有有效知识产权的企业占比不低于30%；
在孵企业行为要求，应具备以下条件：
主要从事新技术、新产品的研发、生产和服务，应满足科技型中小企业相关要求；
深圳市孵化器的认定流程如下：
1. 网上申报：申请单位在网上填报受理时限内，登录深圳市科技业务管理系统在线填报项目申请书，上传电子扫描版申请附件（其中，复印件需加盖申请单位公章），点击“签字盖章页打印”，将打印文件签字盖章后扫描上传，提交审核（系统受理状态为“待窗口受理”），无需提交纸质申请材料。
2. 电子材料初审：相关部门对提交的电子材料进行初审。
3. 专家评审、现场核查、专项审计：通过初审后，相关部门将组织专家进行评审，并进行现场核查和专项审计。
4. 社会公示及征求意见：对符合条件的孵化器进行社会公示，并征求意见。
5. 项目审定：对社会公示无异议的项目进行审定。
6. 项目入库：将审定通过的项目纳入项目库。
7. 计划下达：根据项目库中的项目情况，下达相关计划。
8. 书面材料提交：申请单位按照要求提交书面材料。
9. 经费拨付：相关部门按照规定流程拨付经费。
需要注意的是，不同地区的孵化器认定流程可能有所不同，建议咨询当地科技部门或相关机构以获取准确的信息