专精特新中小企业在申报研发费用加计扣除企业所得税时，需重点关注政策适用性、费用归集准确性及申报流程合规性，具体操作如下：
一、政策适用性
主体资格
专精特新中小企业需为查账征收的居民企业，且不属于烟草制造、住宿餐饮、批发零售、房地产、租赁商务服务、娱乐业等限制行业。若企业为核定征收或非居民企业，则无法享受该政策。
研发活动范围
研发活动需符合《国家重点支持的高新技术领域》或国家发改委公布的《高技术产业化重点领域指南》，且排除以下非适用情形：
产品常规升级；
直接应用公开成果；
商品化后的技术支持；
重复或简单改变；
市场调研、管理研究；
常规质量控制或维修；
人文社科研究。
扣除比例
一般企业：2023年起，未形成无形资产的研发费用按实际发生额的100%加计扣除；形成无形资产的，按成本的200%摊销。
集成电路/工业母机企业：2023-2027年期间，未形成无形资产的研发费用按120%加计扣除；形成无形资产的，按220%摊销。
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二、费用归集与核算
可加计扣除费用范围
包括五大类支出：
1，人员人工：直接从事研发人员的工资、五险一金、外聘劳务费；
2，直接投入：材料、燃料、动力费用，模具、工艺装备开发费，仪器设备租赁费；
3，折旧与摊销：用于研发的仪器设备折旧费、无形资产摊销费；
4，新产品设计费：新产品设计费、新工艺规程制定费、临床试验费、现场试验费；
5，其他相关费用：技术图书资料费、专家咨询费、知识产权申请费等，总额不超过可加计扣除总额的10%。
委托研发处理
境内委托：按实际发生额的80%计入委托方研发费用；
境外委托：不超过境内研发费用三分之二的部分可扣除；
合作研发：各方按实际承担费用分别计算加计扣除。
核算要求
按项目设置辅助账，单独归集研发支出；
研发费用与生产经营费用需分开核算，避免混淆。
三、申报流程与材料
申报时间
企业所得税汇算清缴期限为纳税年度终了之日起5个月内（即次年1月1日至5月31日），需在此期间完成申报。
申报表格
填写《企业所得税年度纳税申报表》中的研发费用加计扣除相关附表（如A107012表）；
需填报项目数量、费用明细（人员人工、直接投入等）、委托研发情况等。
佐证材料
研发项目立项文件（如董事会决议、计划书）；
研发费用明细表及辅助账；
人员名单及专业资质证明；
委托/合作研发合同；
研发成果证明（如专利、论文、验收报告）。
四、注意事项
合规风险
避免研发活动认定模糊（如将常规升级包装为研发）；
确保费用归集准确，避免将非研发费用混入；
委托研发需核实受托方提供资料的真实性。
政策衔接
关注政策更新，如2023年扣除比例调整为100%/200%；
集成电路/工业母机企业需注意2027年截止期限。
申报优化
突出企业专精特新特色（如核心技术、市场占有率）；
确保申报材料完整、真实，避免错漏；
及时关注税务机关反馈，配合补正材料。
五、案例参考
某专精特新企业2023年开展新产品研发，发生费用如下：
人员人工：200万元；
直接投入：150万元；
折旧摊销：50万元；
其他费用：20万元（未超总额10%）。
申报操作：
在辅助账中归集上述费用；
填写申报表时，按100%比例加计扣除（200+150+50+20=420万元，加计扣除后为840万元）；
提交立项文件、费用明细表、人员名单等佐证材料。
最终效果：该企业通过准确归集和申报，减少应纳税所得额420万元，显著降低税负。