专精特新小巨人企业认定通达率低的原因可能涉及多个方面，以下是对这些原因的详细分析：
一、企业基本条件不符合
成立年限与主营业务收入：
企业成立时间需满3年以上，且主营业务收入总额占营业收入总额的比例不低于70%。若企业成立时间较短或主营业务收入占比较低，则不符合认定条件。
主营业务收入增长率：
近2年主营业务收入平均增长率需不低于5%。若企业增长缓慢或负增长，则难以达到这一标准。
二、创新能力不足
自主知识产权数量与质量：
企业需拥有至少两项与主导产品相关的Ⅰ类自主知识产权（如发明专利、植物新品种等）。若企业知识产权数量不足或质量不高（如未形成合力，聚焦于企业主营业务及行业关键产业链），则难以满足认定要求。
研发费用投入：
营业额1亿元以上的企业，研发费用占比需大于3%；5000万元至1亿元的企业，研发费用占比需大于6%；否则需融资大于8000万元且研发费用大于3000万元。若企业研发费用投入不足，则难以证明其创新能力。
研发机构建设：
企业需自建或与高等院校、科研机构联合建立研发机构。若企业缺乏研发机构或研发机构建设不完善，则难以支撑其创新活动。
三、市场竞争力不强
细分市场占有率：
企业主导产品在全国细分市场占有率需达到10%以上。若企业市场占有率较低，则难以证明其在行业内的竞争力和影响力。
品牌知名度与影响力：
企业需拥有直接面向市场并具有竞争优势的自主品牌。若企业品牌知名度不高或缺乏竞争优势，则难以满足认定条件。
四、经营管理不善
财务状况：
企业资产负债率需不高于70%，且财务状况良好。若企业资产负债率过高或财务状况不佳（如连续多年亏损或资不抵债），则难以满足认定要求。
管理制度：
企业内部管理制度需健全，包括有效的治理结构、管理流程等。若企业管理制度不完善，则可能导致运营效率低下、决策执行不力等问题。
五、申报材料与流程问题
材料准备不充分：
申报材料是评审专家了解企业的重要依据。若企业提供的申报材料不完整、不准确、不清晰，则会影响评审专家对企业的评价。
流程执行不规范：
在申报过程中，企业需要严格按照规定的流程和时间节点进行申报。若企业未能按照要求执行申报流程或存在违规行为（如虚假申报、篡改数据等），则会导致申报失败。
专精特新小巨人企业认定通达率低的原因可能涉及企业基本条件、创新能力、市场竞争力、经营管理以及申报材料与流程等多个方面。为了提高认定通过率，企业需要加强自身建设，提高创新能力和市场竞争力，同时规范申报流程和材料准备。