合成生物企业认定主要依据《深圳市光明区合成生物企业认定与管理暂行办法》进行，以下是详细的认定条件：
一、基本条件
注册地与经营地：企业的登记地、纳税地和主要经营场地均需在光明区，且需具备独立法人资格。
主营业务：企业的主营业务需符合合成生物领域的相关要求，包括基因合成组装、DNA存储与生物计算、生物分子、途径与线路工程、宿主与群落的工程化以及合成生物理论构建、建模与自动化等领域。
二、业务条件
收入比例：上年度主营业务收入占全部营业收入的比例需不低于60%。
研发投入：上年度研发投入不低于200万元，且合成生物领域的研发投入占全部研发投入的比例需不低于60%。
三、人员条件
科技人员比例：上年度从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业职工总数的比例需不低于15%。
四、知识产权条件
发明专利：企业需拥有已授权的合成生物领域发明专利，且产权明确清晰，无知识产权争议。
五、应用领域
企业可以从事以下合成生物技术应用领域的业务：
生命健康领域：利用合成生物技术开展改造人体自身细胞、分子、信号通路，或设计细菌、病毒等人工生命体，或从头理性设计疫苗等合成生物医学应用研究。
食品与农业领域：利用合成生物技术实现生产蛋白质、脂肪和组织等新型食品；开展高产、抗病、耐旱、耐涝、固氮和环保的植物原料研发等。
材料与能源领域：利用合成生物技术，开发生物材料、生物燃料与新型能源产品可替代产品。
环境与可持续发展领域：借助合成生物学手段应对和缓解气候变化、扩大生物修复和资源循环、改善生态系统的生物多样性、稳健性等。
六、申报材料
企业申请认定为例如：光明区合成生物企业时，需向光明区科技主管部门提交以下材料：
1、光明区合成生物企业认定申请书。
2、营业执照、法定代表人身份证明复印件。
3、全员参保人数、社保清单、研发人员名单。
4、年度财务审计报告（研发费用、主营业务收入单独列项）。
5、企业开发与主营业务产品列表（包括本企业开发和代理销售的产品，各产品收入占营业收入比重需单独列项）、主营业务产品技术路线的说明材料、企业主营业务中拥有自主知识产权的有效证明材料。
光明区科技主管部门要求的其他材料。
以上信息仅供参考，如有需要，建议查阅《深圳市光明区合成生物企业认定与管理暂行办法》原文。